Применение корневищ растения очень разнообразно. В научной медицине аирный корень используют как ароматическое, успокаивающее, отхаркивающее, дезинфицирующее средство. Он повышает аппетит и улучшает пищеварение, хорошо действует при хронических гастритах и колитах. В последнее время широко применяется при язве желудка и двенадцатиперстной кишки в составе препарата викалина (вместе с крушиной слабительной). Установлено, что отвар корневища аира усиливает выделение соляной кислоты железами слизистой оболочки желудка, что особенно важно для больных с недостаточной кислотностью. Корень аира — непременная составная часть смесей, из отвара которых делают ванны детям, страдающим диатезом и рахитом. В народной медицине корневища аира употребляются шире, чем в научной. Его считают прекрасным бактерицидным средством, в старину широко использовали для профилактики многих эпидемических заболеваний. Поэтому аирный корень рекомендовали жевать во время эпидемий гриппа, холеры, сыпного тифа. Настой корневища применяли как хорошее дезинфицирующее средство, уничтожающее неприятный запах во рту, для обмывания ран и гнойных язв, полоскания рта при цинге. При выпадении волос голову 3 раза в неделю мыли отваром смеси корневищ аира и лопуха (1 : 1), добавляя в него иногда две горсти шишек хмеля. Сок корня использовали раньше для улучшения зрения, слуха и памяти. Так как корневища аира усиливают рвотный рефлекс, их жевали, чтобы избавиться от привычки курить. При воспалении почек рекомендуют ванны с использованием не только корневищ, но и листьев растения. Порошком из корневищ присыпают гноящиеся язвы и раны.
Аир — компонент смесей лекарственных растений для лечения болезней желудка, мочевого и желчного пузырей, повышения аппетита. В Белоруссии корневище употребляют при заболевании щитовидной железы, а в тибетской медицине оно ценится как хорошее средство при пониженном тонусе, глистах, язвах в горле, воспалении слизистой желудка и тонких кишок. Отвар корневища пьют при вялом пищеварении — по 1,5—2 стакана в день до еды. Для его приготовления 15 г корневищ варят в 2—3 стаканах воды 15 мин в посуде с плотно прикрытой крышкой. По опыту М. А. Носаля, даже очень надоедливая изжога прекращается, если на кончике ножа 3 раза в день принимать мелкий порошок из аирных корневищ. При опухании языка и трещинах на нем, сопровождающихся ознобом и повышенной температурой, хорошо действует аир в смеси с другими травами. В этом случае 3 раза в день полощут рот отваром из 10 г корневищ аира, 8 г листьев шалфея, 10 г дубовой коры и 10 г листьев крапивы (Urtica dioica L.) на 1 л воды. Чтобы утихла зубная боль, во рту держат столовую ложку своеобразного «отвара» аирного корня: 0,5 л водки и 10 г мелкого порошка корневища смешивают и взбалтывают, бутылку закупоривают, пробку обвязывают шпагатом, затем бутылку в стоячем положении обкладывают тестом и «пекут», как хлеб.