Прием внутрь препаратов папоротника, как ядовитого растения, требует большой осторожности и обязательного врачебного контроля. Настой корневищ применяется внутрь как противоглистное средство и наружно — для ванн, обтираний и примочек при судорогах ног, ревматизме, геморрое, гнойных ранах и язвах. Для приготовления ванн берут 50 г сухого или 100 г свежего корневища и кипятят 2 ч в % л воды. Полученный отвар процеживают и, разведя его в 10 л воды, делают теплую ванну (28—30° С). В Белоруссии используют водный отвар корневищ щитовника мужского от язвы, катара желудка и ленточных глистов. Отвар корневищ наружно на Кавказе употребляют при заболеваниях седалищного нерва, а спиртовую настойку в виде капель — при сухом плеврите. В современной медицине применяются эфирный экстракт корневищ и сухой экстракт из них под названием «филиксан» при наличии в кишечнике больного бычьего или свиного солитера, широкого лентеца, карликового цепня и остриц. В гомеопатии корневище щитовника мужского используется как глистогонное средство, особенно в борьбе с ленточными глистами.